体液 miRNA 超敏检测(SE-SPTM-PCR)实验指南
高级分子生物学·1-2天
血浆、血清、尿液等体液中 miRNA 浓度极低(<1ng/mL),常规方法难以检测。选择性富集与探针特异性末端介导的茎环 qPCR(SE-SPTM-PCR)等超敏检测平台可实现 fM 级别的检测。
1实验步骤
- 1【体液样本收集与处理】
- 2血液采集:使用 EDTA 或血清分离管,采集后 30 分钟内处理
- 3离心:1500g 离心 10 分钟,取血浆/血清,避免溶血
- 4分装:-80℃分装保存,避免反复冻融(最多 3 次)
- 5尿液:收集中段晨尿,3000g 离心 10 分钟,取上清 -80℃保存
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- 7【miRNA 提取(富集 small RNA)】
- 8体积排除法:使用 miRNAeasy Serum/Plasma Kit 等通过柱子选择性结合 small RNA
- 9酸酚法:TRIzol LS 用于体液样本,提取 total RNA(包括 small RNA)
- 10carrier RNA:提取时加入外源 miRNA(如 cel-miR-39)作为提取对照
- 11质控:检测260/280 ratio,OD230 等指标
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- 13【SE-SPTM-PCR 超敏检测】
- 14选择性问题探针:设计针对目标 miRNA 的探针(带生物素标记)
- 15探针-目标杂交:样本 RNA 与探针杂交,目标 miRNA 与探针特异性结合
- 16富集:通过链霉亲和素磁珠捕获杂交复合物
- 17洗涤:去除非特异性结合
- 18茎环 qPCR:对富集的 miRNA 进行逆转录和 qPCR 检测
- 19信号放大:由于富集步骤,检测灵敏度可提高 100-1000 倍
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- 21【标准曲线与定量】
- 22合成 miRNA 标准品:人工合成目标 miRNA 序列
- 23梯度稀释:10fM 到 10pM 系列稀释
- 24建立标准曲线:绘制 Ct 值与浓度的关系
- 25绝对定量:根据标准曲线计算样本中 miRNA 的绝对浓度(fM)
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- 27【质量控制】
- 28提取对照:cel-miR-39 用于监测提取效率(加入量已知,回收率 80-120%)
- 29RT 效率:使用 U6 或其他内参校正
- 30阴性对照:健康样本 pool 作为阴性对照
- 31阳性对照:已知浓度的人工合成 miRNA
注意事项
- carrier RNA cel-miR-39 加入量需精确,回收率 80-120% 为合格
- 磁珠捕获后充分洗涤,去除非特异性结合,降低背景
- 标准曲线用合成 miRNA 梯度稀释绘制,检测限可达 fM 级别
- 健康样本 pool 作为阴性对照,用于判断检测背景
- 提取和检测全程 RNase Free 操作,防止 miRNA 降解